Juan Naranjo Bocanegra tenía 27 años cuando en el verano de 1936 decidió abandonar su pueblo natal, Villamartín, en el que los golpistas se habían impuesto rápidamente, y desplazarse a la serranía gaditano-rondeña, que permanecía controlada por fuerzas gubernamentales y por los comités de defensa que se crearon en los municipios donde fracasó la sublevación.
Durante la República se había entregado a una continua actividad política en su pueblo. En 1931 estuvo afiliado a la UGT y posteriormente a la CNT, donde desempeñó el cargo de secretario en 1933. En mayo de aquel año fue detenido con la Junta Directiva del centro anarcosindicalista como medida preventiva por la declaración de una huelga nacional de la CNT. En 1936 fue miembro de la delegación del PC para la redacción del programa del Frente Único. Se le atribuía la colocación de pasquines con rótulos de “Viva el Comunismo, Fuera el Ejército y Muera la Guardia Civil” y haber instruido a un grupo de jóvenes que apedrearon el local donde dio un mitin José Antonio Primo de Rivera.
Trabajaba como maestro de pala en la panadería de Luis Íñigo Mateos. Según un escrito presentado a la Alcaldía en marzo de 1936, el 21 de septiembre de 1935 se celebró en una caseta de feria un banquete en el que se profirieron “gritos en contra de la República y de sus hombres representativos” y él los contrarrestó “con otros de viva a la República, a D. Manuel Azaña y todos los hombres representativos del republicanismo español“; Juan Naranjo declaró que a continuación fue “agredido por varios de los señores que estaban en aquella caseta“, que fue detenido al día siguiente por la Guardia Civil para permanecer encarcelado durante 48 horas y que al salir de la cárcel el patrono le dijo “que quedaba despedido pues él no podía tener en su casa a hombres tan revolucionarios“.
En marzo de 1936 fue reintegrado a su puesto de trabajo como panadero. En mayo fue elegido secretario de la Sociedad de Obreros Panaderos y Afines (UGT), formando parte de la comisión para la negociación de las bases de trabajo del sector. Refiriéndose a aquel conflicto, el empresario Francisco Romero Morales declaró años más tarde que Juan Naranjo tenía “cierta cultura demostrándose con esto que era el más instruido de los obreros y que podía alentarlos a huelga como hizo más de una vez, citando una huelga de panaderos con unas bases exageradas“. La huelga se solucionó con la creación de una colectividad de obreros de la que Juan Naranjo fue presidente y que explotó la panadería de Luis Íñigo hasta julio de 1936.
Cuando el 18 de julio llegó a Villamartín la noticia del golpe, las organizaciones de izquierdas y el Ayuntamiento frentepopulista organizaron patrullas de obreros que intentaron mantener el control del municipio, desarmar a la derecha y neutralizar a la Guardia Civil. Durante aquellos primeros momentos de desconcierto también fueron asaltadas e incendiadas las mansiones de Francisco Romero y Vicente de los Ríos, dos de los principales representantes de la burguesía agraria local. Según algunos vecinos de derechas, Juan Naranjo formó parte de aquellas patrullas de obreros, se le vio por las calles armado con una escopeta, formando parte del grupo de obreros que registró el cortijo Higuerones y dirigió también el registro del domicilio del militar retirado Manuel Cervera. Según uno de los derechistas del pueblo que luego participó activamente en la represión, la noche del 18 de julio incitó a la masa aglomerada en la Plaza de la República diciendo: “Tenemos que ir a las casas de D. Francisco Romero Morales y de D. Vicente de los Ríos Trujillo para saquearlas e incendiarlas“.
Juan Naranjo fue detenido por la Guardia Civil como dirigente comunista y liberado bajo la promesa de dirigirse a sus compañeros para que entregasen las armas, ocasión que aprovechó para huir a la zona republicana. De Villamartín pasó a Montellano, Montecorto, Ronda, Málaga -donde ingresó voluntario en el Ejército Popular de la República- y Marbella. Perdida Marbella, regresó a Málaga, donde permaneció hasta que fue tomada por las tropas sublevadas en febrero de 1937. En Almería se enroló en la 55ª Brigada, con la que partió al frente de Mulhacén, y posteriormente fue destinado con la 76ª Brigada a Alcaudete, donde permaneció hasta el final de la guerra.
Estuvo internado en un campo de concentración en Los Barrios, destinado a un batallón de trabajadores en Guadiaro y en la Prisión Provincial de Cádiz. El 4 de septiembre de 1941 fue juzgado en la capital de la provincia y condenado a 12 años y un día de reclusión por delito de auxilio a la rebelión. Cuando en octubre de 1942 se tramitaba su liberación condicional, la Falange de Villamartín informó a la Prisión de Toledo que era de malos antecedentes y convendría fijar su residencia fuera de la localidad.