En diciembre de 2014, un equipo de la Dirección General de Memoria Democrática, formado por los arqueólogos Juan Luis Castro Fernández y Daniel
Barragán Mallofret, presentó, ante Cementerio Mancomunado de la Bahía S.A. (CEMABASA), un informe por el que consideraban que en el cementerio San José de la ciudad existían enterramientos de 65 personas identificadas como víctimas del franquismo. Estaban inhumados en sepulturas colectivas de suelo (o medias sepulturas) repartidas por diversos patios del recinto.
Tras analizar la documentación que les fue facilitada por CEMABASA, los autores consideraron que eran exhumables un total de 18 inhumaciones, que se habrían mantenido intactas, es decir, sin ser intervenidas entre 1936 y 1941 (6 en 1936, 10 en 1937, 1 en 1938 y 1 en 1941). Mientras que en los nichos el control de inhumaciones y exhumaciones suele ser exhaustivo, en el caso de las medias sepulturas apenas se conservan algo más que las notas que figuran en los libros de registro de los enterramientos. Castro y Barragán constataron que al final del registro de la mayoría de los
fallecidos que figuran en el listado, se podía leer: “Observaciones: No constan movimientos posteriores”. Es decir que, según los libros de inhumados, no quedó, en principio, reflejado ningún movimiento o exhumación posterior. Sin embargo, al cruzar esos datos con los Libros Registro del Cementerio de San José, de años posteriores, aparecieron nuevos enterramientos en esas sepulturas y que, parecía lógico que se tuvieran que desalojar los restos ya inhumados para dar cabida a esos nuevos. En consecuencia incluyeron esos datos y dedujeron que lamentablemente la mayoría de las sepulturas fueron desalojadas. Sólo parecían que podían intervenirse las ya indicadas 18 personas.
Con posterioridad, cuando se iban a iniciar los trabajos, los historiadores Santiago Moreno Tello y José Luis Gutiérrez Molina realizaron un nuevo informe por el que se rebajaron el número de exhumables, ya que advirtieron que se había incluido dos fallecidos que no eran represaliados y de uno existían dudas. En consecuencia los cuerpos a exhumar se redujeron a 15. A todos estos había que añadir el marinero Dionisio Arechavala, cuya exhumación había sido solicitada directamente por la familia.
Con estos estudios previos, el 18 de enero de 2016, la Dirección General de Memoria Democrática de la Junta de Andalucía comenzaron los trabajos de
exhumación, que se prolongaron hasta junio de ese año, obteniendo un resultado positivo parcial, ya que, en algunos casos, las sepulturas habían sido intervenidas. En ese año, fueron 10 los individuos localizados con señales de muerte violenta. Posteriormente, en abril de 2017 se realizó la exhumación de Dionisio Arechavala, cuyos restos fueron compatibles con el ADN tomado a un familiar.
Sin embargo, con los trabajos relacionados con la sustracción de neonatos para adopción ilegal, realizados por el Ayuntamiento de Cádiz, se empezó a
sospechar que no todas las sepulturas fueron exhumadas en su totalidad. Gracias a estas últimas exhumaciones se pudo comprobar que en algunas sepulturas colectivas (medias sepulturas), bajo los enterramientos infantiles, se conservaban inhumaciones con una cronología más antigua, que podían corresponder a la década de los 30 y 40. Por lo tanto, el equipo de arqueólogos se planteó que se podría dar el caso de que en algunas sepulturas que fueron exhumadas entre la década de los 60 a los 80, para volver a ser reutilizadas, quedaran en los niveles inferiores restos óseos intactos de víctimas de la represión franquista, que se habrían salvado de las exhumaciones posteriores.
