En julio de 1936 se ocultó en la Iglesia de Santa Catalina y en varios domicilios particulares hasta que, tras el asesinato de su hermano Antonio el 29 de septiembre, consiguió huir a Portugal con ayuda de Francisco Carrión Mejías, párroco de San Andrés y con salvoconducto a nombre del entonces prior de los carmelitas Luis Fernández Cala. Desde Lisboa viajó a París para regresar a continuación a la zona republicana.
En 1937 emitió durante varios meses desde Radio Jaén las llamadas «Charlas anti-Queipo», en las que contestaba cada noche a las alocuciones de Queipo de Llano retransmitidas por Radio Sevilla. En 1938 fue Comisario de la 23 División del Ejército Republicano con destino en Ugíjar.
Al finalizar la guerra fue detenido en Almería, donde estuvo preso en el campamento de Viator y posteriormente en la cárcel «El Ingenio». Fue condenado a reclusión perpetua en Consejo de Guerra celebrado en Almería el 16 de marzo de 1940, sentencia sustituida por la de reclusión perpetua conmutable por la de veinte años en un segundo Consejo celebrado el 16 de marzo de 1942. El 13 de agosto de 1942 fue internado en el campo de concentración de la Corchuela. Fue indultado en octubre de 1946.
