Con la llegada de la República desempeña papel decisivo en la CNT andaluza: elegido secretario en el Pleno de octubre de 1931, presente en el Pleno Nacional madrileño de 1931 y en el mitin con que concluyó, delegado al Congreso del Conservatorio (presidió una sesión) por el Comité Regional andaluz y los Sindicatos de Almería, Arroyomolinos y Huelva. Representó a Andalucía en los Plenos Nacionales de diciembre de 1931 y abril de 1932, defendiendo las tesis cada vez más maximalistas de su regional.
En 1932 se produce un hecho de enorme importancia en la vida de Mendiola: era secretario de la CNT andaluza y se le destituyó, tras graves acusaciones, en el Pleno sevillano de septiembre (Vallina lo acusó del fracaso del movimiento revolucionario sevillano de 1932 y, también, de ser el responsable de la fabricación de bombas, luego entregadas al gobernador) y el Congreso andaluz de marzo de 1933 lo inhabilitó para ocupar cargos, por haber mantenido durante la huelga contactos indeseables. Al poco abandonó la CNT muy dolido por el tratamiento recibido e ingresó en el partido Unión Republicana (fue su secretario general en Sevilla), sin que en ningún momento olvidara su pasado libertario y siempre convertido en voluntario defensor de CNT.
En 1936 mitineó en Sevilla por su partido y por el Frente Popular. Mendiola vivió modestamente empleado en el juzgado de guardia de Sevilla, pese a haber tenido posibilidades para gozar de un empleo cómodo y bien remunerado. Por las noticias que se conocen, parece que los acusadores de Sevilla, atribuyéndole la plena culpabilidad del fracaso del movimiento insurreccional campesino, confundieron al enemigo y que a ellos, más que a una evolución en el pensamiento de Mendiola, hay que culpar de su pérdida para el movimiento anarquista.
Bibliografía: «Actas PNR de diciembre de 1931», en Boletín de la CNT de España, 4 (enero 1932) ► «Actas PNR de abril de 1932», en Boletín de la CNT de España, 6 (mayo 1932) ► Solidaridad Obrera, 17-5-1932 ► Solidaridad Obrera (Paris), 213, por M. Pérez ► Tierra y Libertad (México), 380 ► Tomás Cano, Binomio CNT-FAI (Calgary, 1975), 4 ► José L. Gutiérrez, Crisis burguesa y unidad obrera (Móstoles, 1994), 191, 214, 216, 224, 225, 239, 240 ► José Luis Gutiérrez, Se nace hombre libre (Cádiz, 1997),49, 53, 99 ► J. M. Macarro, La utopía revolucionaria (Sevilla, 1985), 122, 203, 232, 233, 234, 251, 296, 299, 450 ► Jacques Maurice, El anarquismo andaluz (Barcelona, 1990), 187, 189-194, 195, 204, 205, 206, 208, 224, 290-291 ► Memoria del III Congreso Extraordinario de la CNT (Barcelona, s. f.), 3, 7, 11 ► Olegario Pachón, Recuerdos y consideraciones de los tiempos heroicos (Barcelona, 1979),16 ► Manuel Pérez, Memorias (Río de Janeiro, 1951, inéditas), 42, 43, 67, 68, 27 ► Antonio Rosado, Tierra y Libertad (Barcelona, 1979), 95 ► Ricardo Sanz, Figuras de la revolución española (Barcelona, 1978), 285.