El 1 de febrero de 1956, un grupo de estudiantes entre los que se encontraban Javier Pradera, Enrique Múgica y Ramón Tamames, lanzaron una proclama ante la inminente renovación del SEU, en el que instaban al establecimiento de un nuevo modelo de representación a través del panfleto «Manifiesto a los universitarios madrileños».

A pesar de que dentro del espacio de oposición al SEU había militantes clandestinos del PCE, el grueso de su composición respondía a jóvenes aperturistas pertenecientes a familias vinculadas al régimen. La reclamación de un Congreso Nacional de Estudiantes, no era necesariamente incompatible con el Movimiento que, apuntalado tras casi dos décadas de control autoritario del país, había iniciado una progresiva reforma en ámbitos como el económico (con la irrupción de los denominados tecnócratas del Opus Dei) que alejaba progresivamente al país de una orientación corporativista heredada de las aspiraciones de los falangistas.

A pesar de que en instancias económicas, militares o de la administración civil, las posiciones falangistas habían ido quedando relegadas y condenadas al ostracismo, el espacio universitario continuaba bajo el férreo control del sector más falangista.

La agitación de esos días condujo a que, ante el miedo de un fracaso en las elecciones, el jefe de la SEU en Madrid, Jesús Gay, suspendiese las mismas el 7 de febrero, provocando manifestaciones de estudiantes en contra. Los días 8 y 9 de febrero se sucedieron los enfrentamientos y reyertas, entre los estudiantes que protestaban y escuadristas de la Guardia de Franco que asaltaron en repetidas ocasiones los edificios universitarios.

Durante los enfrentamientos del 9 de febrero, la tensión aumentó exponencialmente, tras la muerte por herida de bala de uno de los falangistas (asesinado por error por un disparo de otro compañero de escuadra), provocando exigencias de venganza por parte del SEU y la Falange. Sin embargo, y en demostración de que el propio régimen no iba a permitir una escalada en el enfrentamiento, lejos de secundar a la Falange, intervino con la amenaza de la toma militar desde el mando de la I Región Militar, con los veteranos de la División Azul, Muñoz Grandes y Rodrigo Martínez al frente. Este último espetó la posteriormente célebre frase «mientras yo sea capitán general aquí no se mueve ni Dios», en alusión a la prohibición tácita de actuación a la Falange.

A pesar de todo, el régimen franquista necesitaba demostrar mano dura contra cualquier elemento díscolo, lo que condujo a la detención y exilio de figuras como Dionisio Ridruejo o el mismo ministro de Joaquín Ruiz-Jiménez. Por otra parte, la Falange tampoco quedó indemne, quedando fulminantemente destituido el secretario general del Movimiento, Raimundo Fernández-Cuesta, responsable directo del SEU.

En adelante, el peso del SEU en el ámbito universitario caería en picado. La alienación del espacio universitario conduciría a una permanente conflictividad con el régimen, creciendo en el interior del movimiento antifranquista estudiantil, las posiciones demócratas y revolucionarias.